根据协议，合肥都市圈将在生态文明城市建设、环境保护机制创新、环境保护协调机制、防治机动车污染、环境污染治理、环保科技交流和产业发展等方面加强环境污染联防联治，进一步改善区域环境质量，建设巢湖生态文明先行示范区。

——共同推进生态文明城市建设。积极开展生态产业、生态文化、生态人居等方面试点，加强生态文明创建的信息沟通和交流合作，争取国家更多支持，推进合肥都市圈生态文明建设。

——共同推进环境保护机制创新。探索流域生态补偿制度，完善环境保护责任追究和环境损害赔偿制度体系。在流域水资源保护规划、生态环境保护规划、生态红线规划等领域实施规划对接。

——共同健全环境保护协调机制。建立联合监测和预警机制，开展跨行政区域建设项目环评审批联合会商制度，建立联合执法和交叉执法机制，建立健全跨行政区的环境纠纷协商机制、仲裁机制和法律诉讼机制，建立应急联动机制，建立环境舆情收集、研判和处置机制，建立区域环境保护宣传教育合作机制。

——共同防治机动车污染。设定统一的二手车转户准入标准，禁止黄标车相互转籍。2017年底前基本淘汰所有黄标车。实施统一的简易工况法检测车辆。

——共同推进环境污染治理。在水污染治理、大气污染治理、固体废物处理与处置、突发环境事件应急处置等方面加强协调，形成有效的联防、联控和联治机制。

——共同促进环保科技交流和产业发展。在水污染防治、生态修复、雾霾治理、机动车排气污染防治等方面加强技术交流，共享科研成果。共同促进区域内环保企业、环境污染第三方治理等环保产业发展。

协议还提出，成立合肥都市圈环境污染联防联治小组，建立定期交流制度、建立会商机制，共同促进区域生态文明建设。